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Il 24 maggio 1670 Cosimo III succedeva al padre Ferdinando II inaugurando, dopo la grande stagione scientifica che aveva visto la nascita del Cimento e la protezione della tradizione galileiana, uno dei periodi più grigi e intolleranti nella storia del Granducato di Toscana. Redi, che aveva usufruito a piene mani del mecenatismo di Ferdinando, visse la maturità e la vecchiaia nel clima bigotto di Cosimo, segnato dalle persecuzioni nei confronti dei galileiani pisani e culminato con il decreto del 1691 che sanciva il divieto per i professori delle Università toscane di insegnare filosofie diverse da quella aristotelica.
Redi aveva sempre manifestato, anche nelle accese dispute con gli aristotelici ed i gesuiti, la propria scelta di campo a favore dei moderni e dell'eredità galileiana. Il naturalista aretino proclamava a gran voce che lo scopo della scienza era la ricerca disinteressata della verità: un valore che, di per sé, prescindeva da ogni forma di soggezione a qualsiasi tipo di autorità ed ubbidiva solo all'esperienza. L'ideale della libertas philosophandi era, sotto questo aspetto, uno dei motivi-guida della pratica scientifica moderna. Aveva scritto Redi nelle Esperienze intorno alla generazione degl'insetti  : "Non vorrei già che qualcuno si biasimasse di me, per aver'io detto troppo francamente il mio parere intorno ad alcuni sentimenti de' più rinomati maestri del nostro e de' passati secoli; imperocché ad ognuno è libero tener quell'opinione, che gli è più in piacere; e non credo che ciò disconvenga, o che pregiudichi a quella stima, e a quella riverenza ch'io porto loro: anzi chi non ha baldanza di tiranni a non dovrebbe intorno alle naturali speculazioni sdegnarsi di questa libertà di procedere nella repubblica filosofica, che ha la mira al solo rintracciamento della verità".
E nello stesso testo, riferendosi ai propri studi personali, il naturalista aretino poneva chiaramente in evidenza, in trasparente polemica con la tradizione aristotelica, il rapporto necessario tra sperimentazione scientifica e riflessione filosofica: "Ancorché io con più fervore di animo che con altezza d'ingegno seguitati abbia gli studi della filosofia, nientedimeno ho posta sempre ogni possibile pena ed ogni sollecitudine in far sì che gli occhi miei corporali in particolare si soddisfacciano bene, prima per mezzo di accurate e continue esperienze, e poi somministrino all'estimazione della mente materia di filosofare".
Redi era troppo buon lettore di libri, antichi e recenti, per non sapere che anche nel contesto della modernità si erano delineate diversità di scelte teoriche, polemiche brucianti, contrapposizione di sette. In questo scenario percorso da tensioni sotterranee, egli manifestava la propria contrarietà a schierarsi, preferendo, almeno in occasione delle manifestazioni pubbliche, fare professione di relativismo, di eclettismo e di dedizione al metodo sperimentale. Sotto questo aspetto, la scelta ideale con la quale si era presentato sulla scena europea, con le Osservazioni intorno alle vipere del 1664  :, manteneva una sua permanente validità:
"Siamo tutti uomini, e per conseguenza soggetti all'errare; solo Iddio è tutto sapiente; il che ben conosciuto dal modestissimo Pitagora, con molta ragione rifiutando il nome di savio, si prese quello di amatore della sapienza. Io lodo tutte le sette de' filosofi, ed in tutte trovo molte cose che svelata ci mostrano la verità, ma ve ne trovo ben'anche molt'altre, che con verità né poco, né punto s'accordano. Amo Talete, amo Anassagora, Platone, Aristotile, Democrito, Epicuro, e tutti quanti i principi delle filosofiche sette: ma non fia però, ch'io voglia servilmente legarmi a giurar per vero tutto quello che hanno detto o scritto, come lo fa giornalmente la più minuta plebe di molti protervissimi settari; i quali per lo soverchio, e, per dir così, rabbioso amore che portano al capo della loro scuola, non vogliono udire opinioni contrarie a quella, e forzati ad ascoltarle, e da evidenti ragioni alle volte convinti, non sapendo trovare altro scampo o sotterfugio, ricorrono alle cavillazioni, a' sofismi, ed in
ultimo luogo alle strida; e se si vuol far vedere loro qualche esperienza, si mettono le mani avanti a gli occhi".
Questa scelta di neutralità, sostanziata di un saldo impegno empirista e anti-metafisico, non significava ovviamente che Redi non manifestasse anche lui, in modi e forme più o meno scoperte, le proprie preferenze e le proprie scelte filosofiche. Innanzitutto Platone, "il divino filosofo" di cui nelle stesse Osservazioni citava un lungo passo del Convivio per paragonare il morso della vipera all' "amore della filosofia". Dello stesso Platone Redi aveva, del resto, acquistato "tutte l'opere" fin dal 1649, come riportava un passo del suo Libro di Ricordi  . E poi, ovviamente, Galileo che, pur essendo stato un "famosissimo matematico", aveva avuto la mente "sempre piena di nuovi ritrovati utilissimi alla buona filosofia". Un Galileo anche filosofo, dunque, che secondo l'Archiatra granducale non poteva non riscuotere l'adesione dei "migliori filosofi de' giorni presenti".
Altrettante simpatie non si può certo dire che riscuotesse, nelle opzioni filosofiche di Redi, il soggettivismo speculativo di René Descartes, il cui nome non risulta quasi mai citato nelle sue opere. Non va trascurato, comunque, il fatto che il naturalista aretino, in una lettera ad Alessandro Segni del 1665, gli ordinava di comprargli a Parigi "tutte le opere del Cartesio". Per converso, Redi dimostrava molto apprezzamento per Robert Boyle, "litterato di alta fama, dotto, diligente e sempre veridico e meritevole d'ogni lode più sublime", che si era dimostrato, "negli scoprimenti delle cose naturali", "il più grande che sia in Europa". Questa affinità culturale veniva rilevata da Lorenzo Magalotti, in una lettera da Stoccolma dell'11 luglio 1674, quando affermava che Redi era ormai "universalmente acclamato per Boile dell'Italia", mentre Boyle non sembrava disdegnare "il nome di Redi nell'Inghilterra". Può apparire invece sorprendente, considerando l'ammirazione per la Royal Society che si nutriva nella Tosc
ana del Cimento, il fatto che Redi non ricordasse mai nei propri scritti Francis Bacon, mentre lodava apertamente "l'immortale" William Harvey, "quel grandissimo filosofo de' giorni nostri". Piuttosto scontato appare invece il silenzio sulle filosofie di Hobbes, Locke, Malebranche e Spinoza, di cui forse non aveva nemmeno preso conoscenza. Occorre infine ricordare che il naturalista aretino incontrò personalmente Leibniz, quando, nel 1689, il filosofo tedesco soggiornò un mese presso la Corte fiorentina.
Accanto a questo Redi 'pubblico', che aveva precisi impegni nel sistema politico-sociale del Granducato di Toscana, c'era comunque anche un Redi 'privato', più disinvolto ed esplicito nelle prese di posizione. Ecco allora che, nelle lettere con gli amici più fidati e nelle discussioni dei circoli accademici più ristretti, il medico aretino non esitava a manifestare più che una semplice simpatia nei confronti dell'atomismo, che era penetrato anche in Toscana sulla scia della tradizione galileiana e della diffusione delle opere di Gassendi. Rientrano in questo contesto sia la sua opera di mediazione nella controversia sull'atomismo divampata all'Università di Pisa nel 1669, sia i suoi interventi presso il Granduca volti a favorire la pubblicazione della traduzione di Lucrezio fatta da Marchetti.
Entro certi limiti, dalle frequentazioni filosofiche rediane traspariva una certa atmosfera di eterodossia e di strisciante libertinismo. E sebbene questa propensione fosse stata sempre occultata dal prudente Archiatra granducale dietro una maschera di rigoroso conformismo di facciata, questo non impedì che, subito dopo la sua morte, si diffondessero per Firenze voci sinistre sulla sua dirittura morale, forse sulla sua stessa ortodossia cattolica. Il particolare emerge chiaramente dalla risposta che Ludovico Antonio Muratori fece ad una lettera perduta di Antonio Magliabechi, in cui, commentando notizie che si erano sparse negli ambienti fiorentini, si dispiaceva che Redi non avesse "corrisposto alla vera morale".
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