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Nato a Crevalcore, in provincia di Bologna, nel 1628, morì il 29 novembre 1694 a Roma, dove si era trasferito in qualità di Archiatra del Papa Innocenzo XII. Appena dopo la laurea in medicina, era stato chiamato ad una cattedra universitaria di Pisa, dove risentì dell'influenza di Borelli e delle sue idee meccaniciste, che individuavano nei fenomeni viventi un contesto di applicazione delle stesse leggi fisico-matematiche che vigevano nel mondo fisico. Tornato a Bologna tra il 1659 e il 1662, fece importanti scoperte anatomiche, dando un contributo fondamentale alla fondazione dell'anatomia microscopica e dell'embriologia sperimentale. Nel De pulmonibus del 1661 individuò la struttura membranoso-vescicolare del polmone e dimostrò l'esistenza della rete di capillari, confermando in maniera definitiva la circolazione sanguigna di Harvey. Nel 1663 individuò in un vaso sanguigno i globuli rossi. Tra le sue opere più importanti si segnalano: il De lingua e il De cerebro del 1665, il De viscerum structura del 1666,
il De bombyce del 1669, il De formatione pulli in ovo e il De ovo incubato del 1672, l'Anatomes plantarum del 1679, il De structura glandularum conglobatarum del 1689.
Al pari di Redi, Malpighi perseguiva una prospettiva di separazione tra scienza e fede, secondo la quale era "impossibile l'arrivare l'essenza d'Iddio, quale per via di ragione non si può concludere se non per negazione". Rigoroso nel trasferire il metodo di Galileo alle scienze della vita, perseguiva un ideale di equilibrio tra esperienza e ragione, e combatteva nello stesso tempo l'empirismo trito di un tradizionalista come Giovanni Girolamo Sbaraglia e il matematismo astrattamente razionale di un Cartesio o di un Montanari. Scriveva Malpighi: "L'osservare non è mestiere così facile, come altri pensa. Vi vogliono: grandissime cognizioni, per dirigere il metodo; copiosissima serie d'osservazioni, per vedere la catena e il filo che unisce il tutto; una mente disappassionata con una finezza di giudizio. E però non è mestiere per tutti". Relativamente poi a Montanari aggiungeva: "Io son certo per pratica che alcuni filosofi si sono messi all'impresa delle osservazioni anatomiche, come dell'ovo incubato e delle
piante, e non gli è riuscito cosa di momento. Il Signor Dottore Geminiano Montanari, letterato noto al mondo, per compiacere al Reverendissimo Abate de Pepolis, coll'assistenza di altri filosofi, anche di prima riga, intraprese l'osservazione dell'animale nell'ovo incubato: nella quale non trovando il filo, desperato la lasciò: eppure era filosofo, matematico e fabbricatore di microscopii".
Se Sbaraglia difendeva le ragioni della medicina empirica e denunciava l'inutilità per la clinica dell'anatomia e della medicina razionale, Malpighi sottolineava in continuazione l'imprescindibilità del rapporto filosofia-anatomia-medicina e individuava la superiorità della medicina razionale nel fatto che essa raggiungeva "la cognizione delle cause e il progresso a priori". Addirittura arrivava a rivendicare che "la filosofia è il fondamento della medicina, senza la quale questa vacilla".
Redi aveva conosciuto personalmente Malpighi negli anni in cui l'anatomista bolognese aveva insegnato a Pisa. Nonostante la diversità di vedute su alcuni problemi particolari, come quello della generazione degli insetti delle galle, tra i due scienziati ci fu sempre stima e ammirazione reciproca. Basti solo citare la lettera di partecipazione che Redi scrisse nel maggio 1684 a Malpighi, in occasione dell'incendio doloso della propria casa, nel quale erano andati perduti anche strumenti e manoscritti inediti. "Io me ne condolgo seco - diceva -, e me ne condolgo meco medesimo, che sempre dalle sue celeberrime opere ho avuto gran campo d'imparare". Anche in seguito Redi e Malpighi continuarono a scambiarsi lettere, nelle quali si lamentavano dei rispettivi acciacchi e malanni renali, protestandosi di pregare e di far dire messe per la salute l'uno dell'altro.
Malpighi portò avanti un serrato confronto a distanza con Redi, mediato da Francesco D'Andrea ed Antonio Baldigiani, sul tema controverso degli insetti delle galle, riuscendo in breve tempo a dimostrare che Redi aveva sbagliato e che anche questi organismi erano generati da uova deposte da individui adulti della stessa specie. Il grande scienziato bolognese era infatti riuscito a scoprire che le galle costituivano una risposta patologica all'aggressione di un insetto, la mosca galligena appunto, il quale era dotato di un sofisticato apparato ovopositore, collegato all'ovaia ed analogo al pungiglione dell'ape, con il quale riusciva ad inoculare l'uovo direttamente all'interno dei tessuti vegetali. L'escrescenza tumorale costituiva, dunque, una forma di difesa dell'organismo parassitato e, nello stesso tempo, un ambiente ottimale per lo sviluppo della larva contenuta nell'uovo.
Redi, da parte sua, non fece mai accenno a questo spiacevole episodio, nonostante le sollecitazioni dell'amico Cestoni, che era pervenuto in modo indipendente alle stesse conclusioni dello scienziato bolognese. Ma nelle opere a stampa, come nelle Osservazioni intorno agli animali viventi che si trovano negli animali viventi  , Redi fece molti rimandi alle opere anatomiche di Malpighi, citato sempre con appellativi altisonanti come "impareggiabile e dottissimo", "oculatissimo", "dottissimo ed oculatissimo".
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