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Nacque a Livorno il 30 novembre 1666, dal farmacista di origine francese Stefano e da Barbara Boccacci. Studiò medicina a Pisa con Diego Zerilli, addottorandosi nel 1681, all'età di appena quindici anni. Due anni dopo ricevette l'abilitazione all'esercizio della professione da una commissione della quale faceva parte anche Redi. Iniziò a frequentare la spezieria di Diacinto Cestoni, e fu proprio quest'ultimo a presentarlo a Redi e a farlo entrare nella cerchia dei suoi collaboratori. Ecco quello che Cestoni confidava in proposito a Vallisneri: "Il Redi mi voleva un grande grandissimo arcigrandissimo bene e mi amava di vero cuore, e per ciò innalzò tanto il Dott. Bonomo perché io glie lo raccomandai, et era il mio intimo".
Qualche anno dopo, nel 1684, fu Redi in persona che si interessò per far assumere Bonomo come "medico di galera", convinto che "pochi" come lui intendessero "i fondamenti della medicina". Questo incarico consentì al medico livornese di imbarcarsi sulla flotta del Granduca di Toscana e di partecipare alla spedizione contro i Turchi promossa dal Papa Innocenzo XI.
Ritornato malato a Livorno l'anno dopo, Bonomo iniziò con Cestoni le ricerche sull'acaro della scabbia che si conclusero con la famosa lettera, indirizzata da Livorno a Redi in data 20 giugno 1687. L'originale, conservato manoscritto presso la Biblioteca Comunale "Città di Arezzo, venne rivisto, adattato e migliorato sul piano stilistico dall'Archiatra granducale e dette luogo alla pubblicazione, con il solo nome di Bonomo, delle Osservazioni intorno a' pellicelli del corpo umano . Un'opera che ha costituito una tappa fondamentale nella storia della medicina moderna. Sull'argomento dell'eziologia della scabbia e delle terapie più appropriate per la sua cura Bonomo intraprese, con la cauta copertura di Redi, una violenta polemica con l'Archiatra pontificio Giovanni Maria Lancisi, nel corso della quale erano emerse con chiarezza le fortissime resistenze che la medicina tradizionale opponeva all'idea del contagio animato.
Non essendo riuscito ad ottenere una condotta, nel 1690 Bonomo si imbarcò nuovamente come medico di bordo per una missione in Spagna. Finalmente l'anno successivo, ancora per diretto interessamento di Redi, ottenne la nomina a medico personale di Anna Maria Luisa de' Medici, figlia del Granduca Cosimo III, che andava sposa in Germania all'Elettore Palatino Giovanni Guglielmo. Nell'assolvere a questo delicato incarico il medico livornese rimase a stretto contatto epistolare con Redi, che sovrintendeva alla salute dell'intera famiglia Medici.
Alla fine del 1694, colpito da grave malattia, Bonomo lasciò Düsseldorf e ritornò in patria. Morì a Firenze il 13 gennaio 1696, all'età di appena trent'anni, lasciando al solo Cestoni il compito di difendere (con scarsa fortuna) il principio della eziologia organica delle malattie contagiose.
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