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Nato a Trassilico, in provincia di Lucca, nel 1661, morì a Padova nel 1730. Dopo aver compiuto gli studi a Bologna con Marcello Malpighi ed aver preso la laurea in medicina all'Università di Reggio Emilia, ottenne la cattedra di medicina pratica (1700) e poi di medicina teorica (1710) allo Studio di Padova.
Membro della londinese Royal Society, Vallisneri fu uno dei più insigni naturalisti del Settecento. Fautore della teoria ovista ed anti-spontaneista, fu autore di importanti studi intorno alla generazione degli insetti, degli animali in generale, dell'uomo e delle piante, nonché di opere di anatomia, di botanica e di geologia. Pubblicò, tra il 1696 ed il 1700, i Dialoghi sopra la curiosa origine di molti insetti. Seguirono nel 1710 le Considerazioni ed esperienze intorno alla generazione de' vermi ordinari del corpo umano, nel 1713 le Esperienze ed osservazioni intorno all'origine, sviluppi e costumi di vari insetti, e nel 1721 la Istoria della generazione. A partire dal 1697, pochi mesi dopo la morte di Redi, avviò un imponente carteggio con lo speziale livornese Diacinto Cestoni, grazie al quale siamo informati su molti ed interessanti retroscena della vita e dell'attività scientifica di Redi.
Fin dalla sua prima opera entomologica Vallisneri si era assunto in prima persona quel ruolo di paladino dell'ovismo in Italia al quale, per diversi motivi, sembravano aver ormai abdicato sia Redi sia Malpighi. Il naturalista emiliano osservava, preliminarmente, che "tutti i moderni" si rifacevano "come ad un Achille invincibile alle sperienze de' vasi chiusi", mentre "i difensori sempremai generosi e costanti degli antichi Padri", come Filippo Buonanni ed Antonio Alberghetti, ricorrevano all'argomento della mancanza di aria "come ad ancora sacra". Riflettendo che si trattava di "quistione sensibile" e che tutti i contendenti si appellavano al tribunale dei sensi come suprema istanza per decidere la controversia, Vallisneri aveva deciso di cimentarsi anche lui con i classici esperimenti rediani dei recipienti aperti e chiusi, variandone la metodica per vedere "se potessero nascere viventi senza il favore dell'aria" o "con l'introducimento di vari suoi gradi".
A questo scopo aveva impostato una complessa procedura, mediante la quale era riuscito a verificare che le larve si sviluppavano regolarmente non solo nei recipienti in cui erano penetrati, mediante opportuni sistemi di filtraggio, minime quantità di aria, ma anche in quelli dove, per mancanza di aria, erano morte le mosche adulte. La metodica rediana dei recipienti chiusi poteva, dunque, considerarsi al riparo delle obiezioni dei "putredinisti" che reclamavano una circolazione libera e totale dell'aria. Vallisneri ne traeva la conclusione che non bisognava confondere "le leggi del nascere con le leggi del vivere" e che la generazione della vita, come indicavano anche i processi di embriogenesi del feto nei vivipari e del pulcino negli ovipari, non richiedeva affatto quella continua presenza di aria che sarebbe stata indispensabile per ogni organismo dopo la nascita. In sostanza, non era l'aria la condizione necessaria alla nascita della vita, ma le uova stesse, come Redi aveva sostenuto fin dalle Esperienze
intorno alla generazione degl'insetti  .
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