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Sia dalle pagine delle memorie sui sali fattizi del 1663 e sulle vipere del 1664  , come da quelle del trattato sui parassiti del 1684  e dei Consulti medici, si può ricavare un quadro di alcune delle attività di carattere farmacologico svolte da Redi nell'ambito delle sue funzioni di responsabile della "Spezieria e Fonderia" granducale. Non sono noti in modo preciso i modi in cui la medicina del tardo Seicento studiava la preparazione e gli effetti dei farmaci. Quello che è certo è che Redi era quanto mai diffidente verso i medicamenti astrusi e sofisticati dell'epoca, e prediligeva la dieta, soprattutto a base di vegetali, ed in generale i rimedi naturali. Raccomandava anche purganti e diuretici, prescrivendo ai propri pazienti clisteri con componenti semplici, a base di acqua, brodo e zucchero.
Redi aveva iniziato ad occuparsi di farmacologia sperimentale fin dal 1649, quando si era messo "in ruzzo per questa sorta di esperienze per trovare se le cose solutive stillate movevano il corpo". Molti di questi purganti, per lo più di origine vegetale, erano stati testati negli anni successivi su alcuni lavoranti di Corte, gente del popolo che si era prestata, non senza molte resistenze, a svolgere il ruolo di cavia a pagamento. Si trattava di un progetto di ricerca ideato dallo stesso Granduca Ferdinando II, che era finalizzato ad ottenere un "medicamento lenitivo che in poca quantità, senza cattivo odore e sapore, si potesse sodisfare alle persone delicate, le quali abboriscono il medicarsi al modo antico, che più presto di pigliare una medicina vogliono vivere con molti mesi di male prima che di venire a tale resoluzione". Era questo infatti l'argomento di un manoscritto, intitolato "Memorie nella fabbrica de' sali fattizi, e loro operazioni, cominciato l'anno 1660", che è attualmente conservato nel Ms.
Rediano 199 della Biblioteca Medicea Laurenziana di Firenze,.
Il crescente scetticismo mostrato da Redi sull'efficacia della medicina contemporanea non era dovuto solo alla pratica medica, ma anche a precise osservazioni e riscontri sperimentali. Sotto questo aspetto appare particolarmente interessante un testo come le Esperienze intorno a quell'acqua, che si dice che stagna subito tutti quanti i flussi del sangue, che sgorgano da qualsiasi parte del corpo, pubblicato nel "Giornale de' letterati" del 1673. Con l'aiuto di "Tilmanno Truttuino diligentissimo notomista", cioé del medico fiammingo Tilmann Trutwyn, Redi aveva sottoposto un decantato nuovo farmaco anti-emorragico proveniente dalla Francia a ripetute prove sperimentali su cani, pecore e capretti. In aggiunta, lo scienziato aretino aveva effettuato un esperimenti di controllo nel giardino di Boboli, alla presenza del Granduca Cosimo III, confrontando il risultato di fasciature bagnate con la nuova acqua e con semplice acqua di fonte. I risultati degli esperimenti mostravano in modo inconfutabile, secondo Redi, c
he nei casi in cui si constatava la cicatrizzazione delle vene recise, questa era da attribuirsi alla semplice natura piuttosto che al nuovo farmaco.
Nelle Osservazioni intorno agli animali viventi che si trovano negli animali viventi Redi aveva fatto una lunga digressione, trattando dell'anatomia dei "lombrichi terrestri", per riferire numerose esperienze di farmacologia sperimentale che aveva realizzato per individuare quali erano le sostanze "facili a cagionar loro la morte". La ricerca era stata condotta nel corso dei mesi di aprile e maggio del 1682, mentre soggiornava tra le ville fiorentine di Castello e della Petraia. I relativi protocolli sono conservati nel Ms. Palatino 266 della Biblioteca Nazionale Centrale di Firenze.
Lo scopo di Redi era chiaramente quello di verificare, "almeno per barlume e per conghietture", se era possibile estenderne i risultati "a' lombrichi del corpo umano". Le prove avevano rivelato che tutti i ritrovati della farmacopea antica e moderna - si trattasse di "applicazioni esterne" o di medicinali presi "per bocca" - erano non solo inefficaci ma probabilmente dannosi per i pazienti. Paradossalmente, non erano le sostanze amare ed acide ma lo zucchero il più "potente nemico de' lombrichi". Questo principio venne in seguito contestato da Jacopo Sinibaldi.
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