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Come tutti gli scienziati del Seicento, influenzati dal meccanicismo di ispirazione cartesiana, Redi considerava gli animali poco più di semplici 'macchine'. Incurante dei dolori che infliggeva alle proprie cavie, non si peritava di far morire di fame cani, gatti ed uccelli semplicemente per misurare il loro grado di resistenza. Per commentare poi, in qualità di medico che raccomandava a tutti i propri pazienti uno stretto regime di dieta: "Non è immaginabile quanto si trovino belle le viscere degli animali fatti morir di fame; il che dovrebbe servire per insegnamento, che la dieta ben regolata è la più sicura medicina per rimettere in sesto le viscere degli uomini, e per istasare gl'intrigatissimi canali e andirivieni de' loro corpi".
Il Ms. Redi 30 della Biblioteca Marucelliana di Firenze, intitolato Osservazioni sui mammiferi, raccoglie numerosi protocolli di anatomie di animali. Alcuni presentano scene di uccisioni e vivisezioni particolarmente crudeli.
Il 26 febbraio 1669 Redi stava esaminando alcune talpe: "La talpa è animale muto. Percossa che io abbia una viva e sparatala viva non ha mai fiatato né striso". Il 1° ottobre 1679 anatomizzava una donnola: "Non fu possibile che in molte ore io facessi morire questa donnola con lacci scorsoi al collo tirati con tutta la forza di un uomo. In somma è difficilissima a farla morire strozzata". Sorte peggiore toccava, il 24 dicembre 1682, ad una martora: "Nota che le martore, a voler farle morire strozzate, si dura una gran fatica, e questa, dopo averla tenuta mezz'ora con due strettissimi lacci al collo, non avea quasi patito niente. Onde il mio servitore gli ruppe con un martello il cranio, eppure sempre col laccio al collo strettissimo campò ancora più di un'altra mezz'ora. Il simile avviene alle faine e alle puzzole".
Particolare accanimento Redi sembrava dimostrare nei confronti dei ricci. Ecco la sorte che toccava ad un primo esemplare il 6 giugno 1683: "Questo riccio, legato con uno spago e stretto forte per una gamba, cominciò subito a gridare e stridere fortissimo, ed anco durò un pezzo a stridere. Ma quando io lo tagliava e gli apriva il ventre e le viscere non fiatò mai". Qualche giorno dopo, il 14 giugno, era il turno di un secondo esemplare a saggiare il coltello anatomico rediano: "Lo legai sopra una tavola, e lo sparai vivo, non istrise mai. Questo riccio lo sparai vivo per vedere se veramente nelle sue viscere era calore di sorte alcuna. […] Lo sparai, e subito gli cavai il cuore separato da tutti i vasi sanguigni, e messolo sulla tavola durò esso cuore molti minuti a muoversi e palpitare". La sorte più crudele toccò però ad un terzo riccio, vivisezionato il 4 giugno 1685: "Quando l'ebbi legato per le quattro gambe, e che lo fermai sopra una tavola, cominciò a stridere ad alta voce e stridendo durò un ottavo d
i ora e poscia si chetò. La sua voce era ah, ah, ah, ah, ah. [...] Questo riccio, nello spararlo, non fece come gli altri degli altri fogli che non gridarono mai. Ma questo subito cominciò a gridare e a stridere, conforme avea fatto quando lo legai: e durò a stridere finché non fu aperto il torace".
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